Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- issue89:dcm4che [2014/10/31 18:30] – créée andre_domenech
+++ issue89:dcm4che [2015/02/08 17:44] (Version actuelle) – [4] d52fr
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+**Disclaimer
-Disclaimer
 Maybe this article is not intended for a wide range of people reading this magazine, as I will describe the installation of a niche software related to the medical and health-care enterprise world.
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 • • and at last something related to business
-But there are other aspects of Linux and FOSS: the real world, the serious things. Like health care applications, as stated above.
+But there are other aspects of Linux and FOSS: the real world, the serious things. Like health care applications, as stated above.**
-So, in this article I will explain how to install dcm4chee on Ubuntu. Maybe, as I said before, no reader of this magazine will have the need or the knowledge to install and understand this software, but if you are a student, or if you know a dentist or a radiological study, maybe you could be inspired by knowing the existence of this software.
+Clause de non-responsabilité
+Il se peut que cet article n'ait pas été écrit pour une large gamme des lecteurs de cette revue, puisque je vais décrire l'installation d'un logiciel spécialisé en rapport avec le monde des entreprises médicales et de soins de santé.
+Ce n'est pas un logiciel que vous utiliseriez à la maison ; en effet, personne n'a d'installation de TEP (tomographie à émissions de positons) chez soi, n'est-ce pas ?
+J'ai peut-être tort, mais, en lisant des magazines comme celui-ci, j'ai l'impression qu'Ubuntu, Linux et les logiciels libres en général sont perçus par les gens comme quelque chose ayant un rapport avec, ou utile pour :
+• un violon d'Ingres de geek, de fans des ordinateurs et des programmeurs ;
+• une manière gratuite et légale d'accomplir ses intérêts personnels, ses tâches quotidiennes, en utilisant un PC (une alternative à Windows et aux logiciels payants), et notamment pour :
+   * multimédia et divertissement : jeux, retouche de photo et lecture de vidéos ;
+   * la gestion de ses finances personnelles et domestiques ;
+   * une suite bureautique ;
+• et pour une utilisation professionnelle, cela semble strictement lié à la technologie de l'informatique, comme quelque chose fait par des programmeurs pour d'autres programmeurs ou pour le personnel TI :
+   * outils réseau ;
+   * serveur Web  et des trucs similaires ;
+   * langages de programmation et outils de développement ;
+   * n'importe quoi en rapport étroit avec la TI, l'informatique, les réseaux, etc. ;
+   * et, enfin, quelque chose ayant trait aux affaires.
+Mais Linux et les Logiciels Libres ont d'autres aspects : dans la vraie vie, des choses sérieuses. Comme des applications de soins de santé...
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+**So, in this article I will explain how to install dcm4chee on Ubuntu. Maybe, as I said before, no reader of this magazine will have the need or the knowledge to install and understand this software, but if you are a student, or if you know a dentist or a radiological study, maybe you could be inspired by knowing the existence of this software.
 DICOM and PACS
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 A modality is a source machine where patient’s images are acquired from, for example, an X-Ray machine or a Magnetic Resonance scanner. Some other actors of a PACS are: servers, storage (NAS, SAN, tapes), printers, viewers, CD/DVD robots, etc.
-dcm4chee (http://dcm4che.org/) is a DICOM archive and image manager, that is the server side of a PACS system, the server where medical images (an x-ray, an ultrasound, a magnetic resonance) will be stored, and from which a radiologist will retrieve your examination in order to carry out a medical report.
+dcm4chee (http://dcm4che.org/) is a DICOM archive and image manager, that is the server side of a PACS system, the server where medical images (an x-ray, an ultrasound, a magnetic resonance) will be stored, and from which a radiologist will retrieve your examination in order to carry out a medical report.**
-“The application contains the DICOM, HL7 services and interfaces that are required to provide storage, retrieval, and workflow to a health-care environment”. It is written in Java and is prepackaged and deployed within the JBoss application server. It is open source and licensed under an MPL/GPL/LGPL triple license. There are also a lot of DICOM related tools provided by the same developers and community (called dcm4che toolkit), and some DICOM viewers, like Mayam, Oviyam and Weasis.
+Ainsi, dans cet article, j'expliquerai comment installer dcm4chee sous Ubuntu. Comme je l'ai déjà dit, il se peut qu'aucun lecteur de cette revue n'ait ni le besoin, ni les connaissances nécessaires à installer et à comprendre ce logiciel, mais si vous êtes étudiant ou si vous connaissez un dentiste ou un cabinet de radiologie, savoir que ce logiciel existe pourrait vous inspirer.
+DICOM et PACS
+DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine, ou l'Imagerie et les communications numériques en médecine) « est un standard dans l'imagerie médicale pour la manipulation, le stockage, l'impression et la transmission d'informations. »
+PACS (Picture archiving and communication system, ou Système d'archivage et de communication d'images) est une technologie de l'imagerie médicale qui fournit le stockage de, et l'accès aux, images de modalités multiples.
+Une modalité est une machine source dont proviennent les images des malades, par exemple un appareil de radiographie ou un scanneur à résonance magnétique. Quelques autres acteurs d'un PACS sont : des serveurs, du stockage (NAS, SAN, bandes), des imprimantes, des visionneuses, des robots CD/DVD, etc.
+dcm4chee (http://dcm4che.org/) est un gestionnaire d'archive et d'image DICOM, autrement dit le côté serveur d'un système PACS, le serveur où des images médicales (une radio, une échographie, une IRM) seront stockées et à partir duquel un radiologue récupérera votre examen pour réaliser un rapport médical.
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+**“The application contains the DICOM, HL7 services and interfaces that are required to provide storage, retrieval, and workflow to a health-care environment”. It is written in Java and is prepackaged and deployed within the JBoss application server. It is open source and licensed under an MPL/GPL/LGPL triple license. There are also a lot of DICOM related tools provided by the same developers and community (called dcm4che toolkit), and some DICOM viewers, like Mayam, Oviyam and Weasis.
 If you need help and assistance there is a Google group where a vibrant and nice community will be willing to give you some advice. On the other hand, the wiki lacks a little bit in documentation, that is some pages are dated or are incomplete.
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 sudo apt-get install oracle-java6-installer
-We need to accept the license, and so on.
+We need to accept the license, and so on.**
-dcm4chee needs a database: Postgres, DB2, Oracle, MySQL, etc. If you want to try it without a RDBMS, you can opt for the HSQL package, but let’s install MySQL.
+//« L'application contient les services et interfaces HL7 de DICOM nécessaires pour fournir du stockage, de la récupération et de l'ordonnancement du travail à un environnement de soins de santé. »// Écrite en Java, elle est pré-emballée et déployée au sein du serveur d'applications JBoss. Elle est Open Source sous une licence triple, MPL/GPL/LGPL. Beaucoup d'outils en rapport avec DICOM sont fournis par les même développeurs et communauté (appelé dcm4che toolkit), ainsi que des visionneuses de DICOM, comme Mayam, Oviyam et Weasis.
+Si vous avez besoin d'aide, il y a un groupe Google où une communauté sympa et dynamique vous donnera bien volontiers des conseils. En revanche, la documentation du wiki a quelques lacunes, c'est-à-dire que certaines pages sont périmées ou incomplètes.
+Installons-le.
+Même si une personne de bon cœur a créé un paquet .deb, et en dépit du fait que j'aime beaucoup les gestionnaires de paquets, dans ce cas, je préfère installer le logiciel manuellement.
+Voyons donc voir comment installer dcm4chee sur Ubuntu server 14.04 LTS.
+Tout d'abord, il faut installer Java. Je ne suis pas certain que dcm4chee fonctionne avec OpenJDK. Et je ne suis pas certain qu'il fonctionne avec Java 1.7 ; nous allons donc installer Oracle Java 1.6, au moyen d'un dépôt PPA.
+sudo apt-get install software-properties-common
+sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
+sudo apt-get update
+sudo apt-get install oracle-java6-installer
+Il faut, bien entendu, accepter la licence, etc., etc.
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+**dcm4chee needs a database: Postgres, DB2, Oracle, MySQL, etc. If you want to try it without a RDBMS, you can opt for the HSQL package, but let’s install MySQL.
 sudo apt-get install mysql-server
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 Download the latest release of dcm4chee-mysql, 2.18.0 at time of writing, from http://sourceforge.net/projects/dcm4che/files/dcm4chee/
-Put the zip files in a temporary folder, like /var/tmp/dcminstall and unzip them
+Put the zip files in a temporary folder, like /var/tmp/dcminstall and unzip them**
-sudo apt-get install unzip
+dcm4chee a besoin d'une base de données : Postgres, DB2, Oracle, MySQL... Si vous voulez l'essayer sans un RDBMS [Ndt : Relational Data Base Management System, ou base de données relationnelle], vous pouvez choisir le paquet HSQL, mais installons MySQL.
+sudo apt-get install mysql-server
+Nous devons maintenant créer un schéma et donner tous les droits à l'utilisateur.
+$ mysql -uroot -p*****
+mysql> create schema pacsdb;
+mysql> grant all on pacsdb.* to pacs@localhost identified by 'pacs';
+mysql> flush privileges;
+mysql> \q
+À ce stade, il faut télécharger les fichiers zip de JBoss et dcm4chee. Téléchargez JBoss 4.2.3.GA (n'utilisez PAS une version supérieure !) à partir de http://sourceforge.net/projects/jboss/files/JBoss/JBoss-4.2.3.GA/jboss-4.2.3.GA-jdk6.zip/download
+Téléchargez la version la plus récente de dcm4chee-mysql, la 2.18.0 au moment où j'écris ces lignes, à partir de
+http://sourceforge.net/projects/jboss/files/JBoss/JBoss-4.2.3.GA/jboss-4.2.3.GA-jdk6.zip/download
+Placez les fichiers zip dans un fichier temporaire, comme /var/tmp/dcminstall et extrayez-les.
+===== 5 =====
+**sudo apt-get install unzip
 unzip dcm4chee-2.18.0-mysql.zip
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 cp /var/tmp/install/jai_imageio-1_1/lib/libclib_jiio.so /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/bin/native/libclib_jiio.so
-Now we have to copy files from JBoss to Dcm4chee:
+Now we have to copy files from JBoss to dcm4chee:
+cd /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/bin/
+./install_jboss.sh /var/tmp/install/jboss-4.2.3.GA**
+sudo apt-get install unzip
+unzip dcm4chee-2.18.0-mysql.zip
+unzip jboss-4.2.3.GA-jdk6.zip
+Puisque notre système d'exploitation est un système 64-bit et que le fichier zip de dcm4chee contient une version 32-bit de la bibliothèque de compression, nous devons télécharger les bons outils Java Advanced Imaging Image I/O Tools pour Linux 64-bit à partir de http://download.java.net/media/jai-imageio/builds/release/1.1/ et remplacer la version Linux de libclib_jiio.so par la nouvelle.
+wget http://download.java.net/media/jai-imageio/builds/release/1.1/jai_imageio-1_1-lib-linux-amd64.tar.gz
+tar xzvf jai_imageio-1_1-lib-linux-amd64.tar.gz
+cp /var/tmp/install/jai_imageio-1_1/lib/libclib_jiio.so /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/bin/native/libclib_jiio.so
+Maintenant, il faut copier des fichiers de JBoss vers dcm4chee :
 cd /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/bin/
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 ./install_jboss.sh /var/tmp/install/jboss-4.2.3.GA
-Now we have to import the provided SQL file in order to create the database tables and indexes:
+===== 6 =====
+**Now we have to import the provided SQL file in order to create the database tables and indexes:
 cd /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/sql/
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 Now we can try to run dcm4chee in foreground:
+su - dcm4chee -c /opt/dcm4chee/bin/run.sh**
+Nous devons maintenant importer le fichier SQL fourni afin de créer les tables et index de la base de données :
+cd /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/sql/
+mysql -upacs -ppacs pacsdb < create.mysql
+Puis il faut bouger le répertoire dcm4chee à un emplacement définitif, comme /opt ; après, la création d'un lien symbolique est utile (cela ferait qu'en cas de mise à niveau, on n'aurait pas besoin de modifier un script ou autre chose qui pointe vers le répertoire dcm4chee) :
+cd /
+sudo mv /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/ /opt/
+sudo ln -s /opt/dcm4chee-2.18.0-mysql /opt/dcm4chee
+C'est une bonne idée de créer un utilisateur de dcm4chee et de changer le propriétaire du répertoire d'installation.
+useradd dcm4chee
+chown -R dcm4chee /opt/dcm4chee-2.18.0-mysql
+À ce stade, nous pouvons essayer de lancer dcm4chee en avant-plan :
 su - dcm4chee -c /opt/dcm4chee/bin/run.sh
+===== 7 =====
-Using a web browser, connect to http://yourubuntuserver:8080/dcm4chee-web3
+**Using a web browser, connect to http://yourubuntuserver:8080/dcm4chee-web3
 The default user is “admin” and the default password is “admin”.
 In order to make changes to the default configuration, we need to use the JBoss jmx console http://yourubuntuserver:8080/jmx-console/, and this task could be painful since there are no manuals covering a step-by-step configuration: you have to dig inside the wiki and on the old forum or, as I said before, you can call for help in the mailing list.
 More info:
 • wiki - http://www.dcm4che.org/confluence/display/proj/The+Project
 • mailing list - https://groups.google.com/forum/m/?hl=en#!forum/dcm4che
-• discontinued forum - http://forums.dcm4che.org
+• discontinued forum - http://forums.dcm4che.org**
+Dans un navigateur Web, connectez-vous à http://yourubuntuserver:8080/dcm4chee-web3
+L'utilisateur par défaut est « admin » et le mot de passe par défaut est « admin ».
+Pour pouvoir modifier la configuration par défaut, nous devons utiliser la console jmx de JBoss http://yourubuntuserver:8080/jmx-console/, et cette tâche pourrait être difficile, car il n'existe pas de manuels qui donnent une configuration étape par étape : vous devez bien chercher sur le wiki ou le vieux forum ou, comme je l'ai déjà dit, vous pouvez lancer un appel à l'aide sur la liste de diffusion.
+Pour plus de renseignements :
+• wiki - http://www.dcm4che.org/confluence/display/proj/The+Project
+• liste de diffusion : https://groups.google.com/forum/m/?hl=en#!forum/dcm4che
+• forum abandonné : http://forums.dcm4che.org