Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- issue95:mon_histoire [2015/04/23 18:26] – d52fr
+++ issue95:mon_histoire [2015/04/23 18:41] (Version actuelle) – d52fr
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 There are also more options to see molecules in several types of stereo, and some options to build videos of the molecule, that I have not played with too much.**
-JMol est plus récent. Écrit en Java, il est disponible pour différentes plateformes telle que Windows et OS X ainsi que GNU/Linux et on devrait pouvoir le porter facilement à d'autres. Ces options sont similaires à celles de Rasmol, bien que l'interface soit différente. Quelques outils sont là pour éditer la molécule un peu (ajouter ou supprimer des atomes) et pour se connecter à d'autres programmes. Toutefois, certains, comme l'environnement de tracé de rayons Povray, ne sont malheureusement plus disponibles facilement sous Ubuntu. Dans Mjol, la représentation par défaut est suffisamment claire pour permettre de voir facilement des modèles biologique et, comme avant, peut être tournée avec la souris. Voici l'affichage de JMol du modèle d'hémoglobine venant du fichier PD. Deux complexes qui emprisonnent des atomes de fer (Fe - en jaune) sont bien visibles dans la partie basse de l'avant-plan :
+JMol est plus récent. Écrit en Java, il est disponible pour différentes plateformes telle que Windows et OS X ainsi que GNU/Linux et pourrait être facilement porter sur d'autres. Ces options sont similaires à celles de Rasmol, bien que l'interface soit différente. Quelques outils sont là pour un peu éditer la molécule (ajouter ou supprimer des atomes) et pour se connecter à d'autres programmes. Toutefois, certains, comme l'environnement de tracé de rayons Povray, ne sont malheureusement plus facilement disponibles sous Ubuntu. Dans Mjol, la représentation par défaut est suffisamment claire pour permettre de voir facilement des modèles biologiques et, comme avant, peut être tournée avec la souris. Voici l'affichage de JMol du modèle d'hémoglobine venant du fichier PDB. Deux complexes qui emprisonnent des atomes de fer (Fe - en jaune) sont bien visibles dans la partie basse de l'avant-plan :
 Le très nouveau PyMOL Molecular Graphics System est une des applications récentes disponibles. Écrit dans le même langage moderne interprété Python qui paraît de très nombreuses fois dans les pages du Full Circle, sa présentation implique non pas une, mais deux fenêtres. L'une est pour une visionneuse de journal avec un dialogue général de saisie, alors que l'autre contient la vue même de la molécule ainsi que ses options associées.
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 En fait, il y a plusieurs applications dans les dépôts Ubuntu pour le dessin de représentations planaires de molécules de chimie organique et vous pouvez en trouver encore d'autres dans divers endroits sur le Web. L'une des plus faciles à utiliser est Chemtool.
-Dans la barre d'outils du haut, il y a des outils de dessin qui nous permettent de placer diverses liaisons chimiques dans des angles particuliers l'un par rapport à l'autre, pour faire le squelette carboné de la molécule. Quand nous aurons terminé, nous pouvons utiliser un outil texte pour ajouter les groupes fonctionnels à divers endroits. Bien entendu, des liaisons doubles et triples sont disponibles aussi. Une fois dessinés, les éléments peuvent être bougés, supprimés, retournés horizontalement ou verticalement, etc.
+Dans la barre d'outils du haut, il y a des outils de dessin qui nous permettent de placer diverses liaisons chimiques dans des angles particuliers l'un par rapport à l'autre, pour faire le squelette carboné de la molécule. Quand nous aurons terminé, nous pourrons utiliser un outil texte pour ajouter les groupes fonctionnels à divers endroits. Bien entendu, des liaisons doubles et triples sont disponibles aussi. Une fois dessinés, les éléments peuvent être bougés, supprimés, retournés horizontalement ou verticalement, etc.
-La molécule finie peut être exportée dans divers formats graphiques plats, comme PNG, mais aussi dans le format Molfile. Elle peut alors être affichée dans PyMol ou n'importe quelle autre visionneuse. Dans PyMol, les atomes d'hydrogène manquants peuvent être facilement ajoutés.
+La molécule finie peut être exportée dans divers formats graphiques plats, comme PNG, mais aussi dans le format Molfile. Elle peut alors être affichée dans PyMol ou n'importe quelle autre visionneuse. Dans PyMol, les atomes d'hydrogène manquants peuvent être facilement ajoutés à la structure.
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 Et c'est ici qu'un autre programme, Avogadro, devient utile. C'est davantage un constructeur de molécule qu'un outil de dessin tout simple. D'une façon similaire à Chemtool, Avogadro a une interface qui nous permet de construire le squelette carbone de la molécule, puis de rajouter des atomes d'oxygène là où il faut pour créer de groupes fonctionnels additionnels. Dans ce cas, cependant, les atomes d'hydrogène supplémentaires sont ajustés de façon dynamique pendant la construction, ce qui nous aide à voir exactement ce que nous construisons.
-Une fois la molécule construite, nous pouvons choisir Extensions > Optimize Geometry et le programme calculera les positions les plus réalistes pour les atomes (« réalistes » dans le sens des positions dont l'énergie potentielle est la plus basse). Ensuite ceci peut être exporté comme un fichier d'image plat ou comme un fichier en format PDB qui peut être ouvert avec PyMol.
+Une fois la molécule construite, nous pouvons choisir Extensions > Optimize Geometry et le programme calculera les positions les plus réalistes pour les atomes (« réalistes » dans le sens des positions où l'énergie potentielle est la plus basse). Ensuite ceci peut être exporté comme un fichier d'image plat ou comme un fichier en format PDB qui peut être ouvert avec PyMol.
 Le résultat final est beaucoup plus satisfaisant, puisque nous pouvons voir que la structure de chacun des trois atomes de carbone est tétraédrique, et non pas planaire. On la voit d'autant mieux quand nous tournons la molécule avec la souris.