Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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 Et c'est ici qu'un autre programme, Avogadro, devient utile. C'est davantage un constructeur de molécule qu'un outil de dessin tout simple. D'une façon similaire à Chemtool, Avogadro a une interface qui nous permet de construire le squelette carbone de la molécule, puis de rajouter des atomes d'oxygène là où il faut pour créer de groupes fonctionnels additionnels. Dans ce cas, cependant, les atomes d'hydrogène supplémentaires sont ajustés de façon dynamique pendant la construction, ce qui nous aide à voir exactement ce que nous construisons.
-Une fois la molécule construite, nous pouvons choisir Extensions > Optimize Geometry et le programme calculera les positions les plus réalistes pour les atomes (« réalistes » dans le sens des positions dont l'énergie potentielle est la plus basse). Ensuite ceci peut être exporté comme un fichier d'image plat ou comme un fichier en format PDB qui peut être ouvert avec PyMol.
+Une fois la molécule construite, nous pouvons choisir Extensions > Optimize Geometry et le programme calculera les positions les plus réalistes pour les atomes (« réalistes » dans le sens des positions où l'énergie potentielle est la plus basse). Ensuite ceci peut être exporté comme un fichier d'image plat ou comme un fichier en format PDB qui peut être ouvert avec PyMol.
 Le résultat final est beaucoup plus satisfaisant, puisque nous pouvons voir que la structure de chacun des trois atomes de carbone est tétraédrique, et non pas planaire. On la voit d'autant mieux quand nous tournons la molécule avec la souris.