Full Circle Magazine FR

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**My occupation is a research coordinator. I am essentially a project manager in the clinical research realm. My expertise focuses on instrumentation for osteopathic manipulative medicine (OMM). Before I start talking about my career and Linux, I need to describe osteopathy. 
 
Osteopathy is the sublime art of treating physical somatic symptoms using various techniques of counterstrain, strain, and therapeutic palpatory treatment. This treatment is called OMM. Osteopathy is a fairly young medical science developed by A.T. Still in the United States. He believed the human body can heal itself if the musculoskeletal framework is balanced. In the United States, osteopathic doctors are considered equal to medical doctors . Today, some osteopathic doctors employ OMM to treat their patients. However, worldwide the standards for osteopathic practitioners are varied. In some countries, they are family doctors or they are equivalent to physical therapists. I work with primary investigators in developing new teaching methods or research questions using OMM. To quantify the scientific capabilities of OMM, I use instrumentation to answer various research questions.**

Employé comme coordinateur de recherches, je suis essentiellement chef de projets dans le domaine de la recherche clinique. Mon expertise se concentre surtout sur l'instrumentation pour les traitements ostéopathiques par manipulation (OMM). Avant de vous parler de ma carrière et de Linux, je dois décrire l'ostéopathie.

L'ostéopathie est l'art sublime du traitement des symptômes somatiques physiques avec diverses techniques de contrainte-relâchement (strain-counterstrain) et le traitement thérapeutique par palpation, appelé OMM. L'ostéopathie est une science médicale assez jeune développée aux États-Unis par A.T. Still. Il croyait que le corps humain peut se guérir seul si l'appareil locomoteur est en équilibre. Aux États-Unis, les médecins ostéopathes sont considérés les équivalents des docteurs en médecine. Aujourd'hui, certains médecins ostéopathes utilisent l'OMM pour traiter leurs malades, mais les normes pour les ostéopathes varient selon les pays. Parfois, ce sont des médecins de famille ou l'équivalent des kinésithérapeutes. Je travaille avec des chercheurs fondamentaux pour développer de nouvelles méthodes d'enseignement ou questions de recherche en utilisant l'OMM. Afin de quantifier les capacités scientifiques de l'OMM, je me sers d'instrumentation pour répondre à divers questions de recherche.
 
**Instrumentation is simply the term used to describe cutting-edge technology to collect data. At my university, I use motion capture systems and pressure pads to objectively collect and quantify data. After collecting the data, I then process it and hand it off to a bio-statistician for statistical analysis. I use Linux on a daily basis for my various research studies. 

There are a number of Linux variants directed towards research. Ubuntu has a variant called Ubuntu Sci. I started using Scientific Linux. It was originally based off Fedora or Redhat Enterprise Linux. Today, it is based off CentOS. CentOS is a great LTS distro, however the software packages are older and stable. I prefer having newer software in my daily distro.

I use a Fedora Remix that is called the Korora Project. There are a number of reasons I use Korora. It is downstream from Fedora, so updates are implemented easily. It implements media codes not supported by Fedora. The tools I need from Scientific Linux are available. My old mentor, Mike Ferarri, uses Fedora, so I have support if I break my system. Luckily the documentation for Fedora is thorough. The Korora Project does not support a forum, but there’s an activity thread for help via this Engage link, or you can access their IRC Channel. The volunteers are very quick in helping new users. If you want to be involved in helping a distro, consider contacting the Korora Project. The Korora Project team members are largely based in Australia, so a time delay may apply.**

L'instrumentation est tout simplement le terme utilisé pour décrire la technologie de pointe de collecte des données. Dans mon université, j'utilise des systèmes de capture du mouvement et des électrodes de pression pour collecter et quantifier des données de façon objective. Après avoir collecté les données, je les traite pour ensuite les envoyer à un biostatisticien pour analyse. Je me sers quotidiennement de Linux pour mes diverses recherches et études.

Il y a de nombreuses variétés de Linux orientées vers la recherche, par exemple, Ubuntu a une variété appelée Ubuntu Sci. J'ai commencé avec Scientific Linux, basée à l'origine sur Fedora ou Redhat Enterprise Linux, mais basée aujourd'hui sur CentOS. CentOS est une distrib. LTS géniale, mais les paquets logiciels sont plus vieux et stables. Je préfère des logiciels plus récents dans la distrib. que j'utilise quotidiennement.

j'utilise un Fedora Remix appelé le Korora Project pour de nombreuses raisons : il est en aval de Fedora et les mises à jour sont implémentées facilement. Il implémente des codes média qui ne sont pas pris en charge par Fedora, les outils de Scientific Linux dont j'ai besoin sont disponibles ; enfin, mon ancien mentor, Mike Ferarri, se sert de Fedora et j'ai donc de l'aide si je casse mon système. Heureusement, la documentation de Fedora est complète. Le Korora Project n'a pas de forum, mais il y a un fil d'activité où vous pouvez trouver de l'assistance, via ce lien Engage, ou vous pouvez accéder à leur canal IRC. Les bénévoles aident les nouveaux utilisateurs très rapidement. Si vous voulez vous impliquer dans une distrib., vous pourriez envisager de contacter le Korora Project, mais la plupart des membres de son équipe sont basés en Australie et il peut y avoir un décalage horaire.
 
**The main tools I use for my job are varied – like my daily job duties. As a research coordinator, I have recruited individuals for clinical studies, written manuscripts, collected data sets, processed data sets, managed projects, trained new hires, done basic statistical analysis, edited videos, taken photographs, encrypted files, and other duties as needed. Fedora has the basic tools, while Korora fills in the gaps. I use Kdenlive, LibreOffice, GIMP, R, Gnuplot, Veracrypt, Planner, and other tools. I will cover these items from a rpm perspective, however I will include instructions for Debian-based distros when needed. 
 
Before getting into the tutorials on the various programs I employ, let’s do a short review of the Korora OS. The default DE for Fedora is Gnome, however there are Fedora Spins. The Fedora Spins would be equivalent to Kubuntu, Lubuntu, and Xubuntu. It is from these Spins the Korora Project enables XFCE, Cinnamon, MATE, KDE, and Gnome. I originally used Gnome, but my hardware barely supported it. **

Les outils principaux que j'utilise pour mon travail sont aussi divers que mes devoirs professionnels. En tant que coordinateur de recherche, j'ai recruté des personnes pour des études cliniques, écrit des manuscrits, collecté et traité des jeux de données, gèré des projets, formé des nouveaux employés, fait de l'analyse statistique de base, édité des vidéos, pris des photos, crypté des fichiers, etc., selon les besoins. Fedora comporte les outils de base, alors que Korora comble les lacunes. J'utilise, notamment, Kdenlive, LibreOffice, GIMP, R, Gnuplot, Veracrypt et Planner. Je parlerai de ceux-ci, de la perspective du gestionnaire des paquets RPM (Redhat), en incluant des instructions pour des distrib. basées sur Debian au besoin.

Avant de commencer des tutoriels concernant les divers programmes que j'utilise, je vous donnerai un court aperçu du système d'exploitation de Korora. L'environnement de bureau par défaut de Fedora est Gnome, mais il existe des Fedora Spins (ou dérivés), qui sont les équivalents de Kubuntu, Lubuntu et Xubuntu. C'est à partir de ces dérivés que le Korora Project propose XFCE, Cinnamon, MATE, KDE et Gnome. Au départ, j'ai utilisé ce dernier, mais mon matériel ne le supportait guère.

**I employ the MATE DE. This is the default layout as seen below left. They use Plank on the left side of the display, which is reminiscent of Gnome. It comes loaded with LibreOffice, Firefox, and the standard fare of programs that appear on most Linux Distros today. If a person uses Ubuntu MATE, then using Korora MATE would be an easy transition.

However, there are some key differences between Ubuntu and Korora. The installation process is a bit of a bump using the Anaconda Installer by Fedora. You have to reclaim your hard drive space, and then approve it. Ubuntu has an easier installer. The command-line interface is very different, using 

sudo dnf install 

versus 

sudo apt-get 
commands. The software center is in transition for the non-Gnome desktop environments. For a number of years, Yum Extender was the graphical software center, now it is being transitioned to DNFdragora, which will be released in future Korora editions. Yum Extender is a dead project, and DNFdragora is the new replacement.
 
In the upcoming months, I will peek into the various ways I use Linux in my job.**

J'utilise l'environnement de bureau MATE, avec l'apparence par défaut ci-dessous à gauche. Ils mettent Plank sur le côté gauche de l'écran, ce qui ressemble à Gnome. Il vient avec LibreOffice, Firefox et les logiciels standards de la plupart des distrib. Linux d'aujourd'hui. Si une personne utilise Ubuntu MATE, la transition vers Korora MATE sera facile.

Il y a, cependant, des différences importantes entre Ubuntu et Korora. L'installation avec l'Anaconda Installer de Fedora est un peu difficile, car vous devez récupérer l'espace de votre disque dur, puis l'approuver. L'installeur d'Ubuntu est beaucoup plus convivial. L'interface en ligne de commande est très différent, avec la commande : 

sudo dnf install

et pas 

sudo apt-get.

Le Centre des logiciels est en phase de transition pour les environnements de bureau autres que Gnome. Pendant plusieurs années, Yum Extender était le Centre de logiciels graphiques, mais ils sont en train de changer pour DNFdragora, qui sortira dans les versions de Korora à venir. Autrement dit, Yum Extender, un projet mort, est remplacé par DNFdragora.

Au cours des prochains mois, je vous donnerai un aperçu des diverses utilisations de Linux dans mon travail.