issue129:tutoriel1
Différences
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issue129:tutoriel1 [2018/01/29 07:56] – d52fr | issue129:tutoriel1 [2018/01/30 18:26] (Version actuelle) – andre_domenech | ||
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As the name indicates, PyMOL is a program written in python. Development was started in 2000 by Warren Lyford DeLano as an open source project. Compiled binaries were made available to paying customers who do not want the hassle of compiling the software themselves, obviously making it an advantage to use the software on GNU/Linux because a lot of nice people would compile PyMOL for the platform, so every day users can install it from the archives.** | As the name indicates, PyMOL is a program written in python. Development was started in 2000 by Warren Lyford DeLano as an open source project. Compiled binaries were made available to paying customers who do not want the hassle of compiling the software themselves, obviously making it an advantage to use the software on GNU/Linux because a lot of nice people would compile PyMOL for the platform, so every day users can install it from the archives.** | ||
+ | |||
+ | Plusieurs logiciels spécialisés existent pour voir et manipuler des données. L'un d'eux s' | ||
+ | |||
+ | Comme son nom l' | ||
**A special version " | **A special version " | ||
Unfortunately, | Unfortunately, | ||
+ | |||
+ | Une version spéciale, appelée « Incentive PyMOL » (PyMOL incitatif) a été rendue disponible, contenant des fonctionnalités spéciales supplémentaires dont beaucoup d' | ||
+ | |||
+ | Malheureusement, | ||
**For the current article, I will focus on a version that is a bit older, corresponding to what most GNU/Linux users will have in the archives of their favorite distribution. | **For the current article, I will focus on a version that is a bit older, corresponding to what most GNU/Linux users will have in the archives of their favorite distribution. | ||
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Start it up and see what happens!** | Start it up and see what happens!** | ||
+ | |||
+ | Pour cet article, je me concentrerai sur une version qui est un peu plus ancienne, correspondant à ce que la plupart des utilisateurs sous GNU/Linux trouveront dans les archives de leur distribution préférée. | ||
+ | |||
+ | sudo apt install pymol | ||
+ | |||
+ | devrait installer pymol ; le programme peut démarrer, soit avec le lanceur de programme que vous utilisez, soit en tapant pymol dans un terminal. | ||
+ | |||
+ | Démarrez-le et regardez ce qui se passe ! | ||
**The PyMOL graphical user interface | **The PyMOL graphical user interface | ||
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If a list of PyMOL commands is written in a text file (a PyMOL–script), | If a list of PyMOL commands is written in a text file (a PyMOL–script), | ||
+ | |||
+ | L' | ||
+ | |||
+ | À l' | ||
+ | |||
+ | Le GUI interne et le visualiseur sont utilisés pour voir les molécules qui vous intéressent et pour manipuler les représentations des molécules chargées dans le programme. Dans l' | ||
+ | |||
+ | Si une liste de commandes est écrite dans un fichier texte (PyMOL-script - script PyMOL), elle peut être chargée au démarrage du programme, rendant facile le partage de vues graphiques des molécules. | ||
**Getting the coordinates | **Getting the coordinates | ||
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In PyMOL, a plugin is already installed that can be used to load molecular coordinates – if the PDB-id is known. For this article, I will use 1mbo, which is one of the first protein structures that were determined by x-ray crystallography, | In PyMOL, a plugin is already installed that can be used to load molecular coordinates – if the PDB-id is known. For this article, I will use 1mbo, which is one of the first protein structures that were determined by x-ray crystallography, | ||
+ | |||
+ | Obtenir des coordonnées | ||
+ | |||
+ | Historiquement, | ||
+ | |||
+ | Les coordonnées sont déposées par des chercheurs du monde entier et sont disponibles à tous ceux qui cherchent à avoir une meilleure compréhension du monde microscopique de certaines des plus petites parties de nos cellules. | ||
+ | |||
+ | Dans PyMOL, un module est déjà installé qui peut être utilisé pour charger des coordonnées moléculaires, | ||
**To download the coordinates and load it into PyMOL, I will use the command-line command fetch | **To download the coordinates and load it into PyMOL, I will use the command-line command fetch | ||
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Now the structure is loaded into the viewer and we can make a representation of the protein.** | Now the structure is loaded into the viewer and we can make a representation of the protein.** | ||
+ | |||
+ | Pour télécharger les coordonnées, | ||
+ | |||
+ | fetch 1mbo | ||
+ | |||
+ | dont le résultat est l' | ||
+ | |||
+ | Ici, les coordonnées sont chargées dans le visualiseur et le GUI interne montre que l' | ||
+ | |||
+ | Dans le GUI interne, l' | ||
+ | A - Le bouton d' | ||
+ | S - Le bouton de visualisation, | ||
+ | H - Le bouton de masquage, pour masquer les différentes représentations. | ||
+ | L - Le bouton d' | ||
+ | C - Le bouton de coloration, pour colorer les coordonnées. | ||
+ | |||
+ | Maintenant que la structure est chargée dans le visualiseur, | ||
**Making a pretty picture | **Making a pretty picture | ||
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preset.ligand_cartoon(" | preset.ligand_cartoon(" | ||
+ | |||
+ | Créer une belle image | ||
+ | |||
+ | La structure de la myoglobine que nous avons chargée contient deux objets intéressants. Un groupe heme, qui est un composé organique qui contient un ion fer au milieu de la molécule et une molécule d' | ||
+ | |||
+ | Plusieurs préréglages existent dans l' | ||
+ | |||
+ | Cette fonction peut aussi être appelée en ligne de commande : | ||
+ | |||
+ | preset.ligand_cartoon(" | ||
**To get a good orientation of the interesting feature of the molecule, we will use the commands to zoom into the heme in the structure: | **To get a good orientation of the interesting feature of the molecule, we will use the commands to zoom into the heme in the structure: | ||
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Now use the mouse to rotate the view to your liking. You will notice that the lower right box indicates how you can interact with the viewer, and that the L, M and R indicate the mouse buttons. Press the left mouse button and move the mouse to rotate the molecule. You can also hold down the right mouse button to zoom in or out, and the middle mouse button to move the view.** | Now use the mouse to rotate the view to your liking. You will notice that the lower right box indicates how you can interact with the viewer, and that the L, M and R indicate the mouse buttons. Press the left mouse button and move the mouse to rotate the molecule. You can also hold down the right mouse button to zoom in or out, and the middle mouse button to move the view.** | ||
+ | |||
+ | Pour obtenir une bonne orientation de la caractéristique intéressante de la molécule, nous utiliserons les commandes pour zoomer au sein du heme de la structure : | ||
+ | |||
+ | zoom resn HEM | ||
+ | |||
+ | Maintenant, utilisez la souris pour tourner la vue comme vous le préférez. Vous noterez que le champ le plus bas à droite indique comment vous pouvez interagir avec le visualiseur, | ||
**To get a more clear view, you can hide the waters by using the H button next the the 1mbo object and press waters, to hide the representation of the waters in the molecule. You might also have noticed the yellow striped dots. These are water bonding interactions called polar contacts, and can be turned off by de-selecting the new object 1mbo_pol_conts (click on the name of the object and it is hidden). And finally we can show the oxygen as a sphere representation, | **To get a more clear view, you can hide the waters by using the H button next the the 1mbo object and press waters, to hide the representation of the waters in the molecule. You might also have noticed the yellow striped dots. These are water bonding interactions called polar contacts, and can be turned off by de-selecting the new object 1mbo_pol_conts (click on the name of the object and it is hidden). And finally we can show the oxygen as a sphere representation, | ||
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I hope you enjoyed this very small introduction to the molecular viewer PyMOL ** | I hope you enjoyed this very small introduction to the molecular viewer PyMOL ** | ||
+ | |||
+ | Pour obtenir une vue plus claire, vous pouvez masquer les « waters » en utilisant le bouton H à côté de l' | ||
+ | |||
+ | set sphere_scale, | ||
+ | show spheres, resn OXY | ||
+ | |||
+ | Une fois que vous avez obtenu une jolie vue, vous pouvez utiliser la commande ray en haut à droite du GUI externe, puis aller à File (Fichier) -> Save image as (enregistrer l' | ||
+ | |||
+ | J' |
issue129/tutoriel1.1517208978.txt.gz · Dernière modification : 2018/01/29 07:56 de d52fr