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| issue129:tutoriel1 [2018/01/30 13:45] – auntiee | issue129:tutoriel1 [2018/01/30 18:26] (Version actuelle) – andre_domenech |
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| Plusieurs logiciels spécialisés existent pour voir et manipuler des données. L'un d'eux s'appelle PyMOL, qui est utilisé par les chimistes des protéines et les biologistes de la structure partout dans le monde pour voir les structures tri-dimensionnelles des composants de base de la vie : les protéines, l'ARN et l'ADN. | Plusieurs logiciels spécialisés existent pour voir et manipuler des données. L'un d'eux s'appelle PyMOL, qui est utilisé par les chimistes des protéines et les biologistes de la structure partout dans le monde pour voir les structures tri-dimensionnelles des composants de base de la vie : les protéines, l'ARN et l'ADN. |
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| Comme son nom l'indique, PyMOL est un programme écrit en python. C'est Warren Lyford DeLano qui a commencé en développement en 2000, en tant que projet Open Source. Les binaires compilés ont été mis de façon payante à disposition des utilisateurs qui ne voulaient pas prendre la peine de compiler eux-mêmes le logiciel, rendant de fait avantageux d'utiliser le logiciel sur GNU/Linux, car beaucoup de personnes sympathiques compilaient PyMOL pour cette plateforme ; ainsi, les utilisateurs du quotidien peuvent l'installer à partir des archives. | Comme son nom l'indique, PyMOL est un programme écrit en python. C'est Warren Lyford DeLano qui a commencé son développement en 2000, en tant que projet Open Source. Les binaires compilés ont été mis de façon payante à disposition des utilisateurs qui ne voulaient pas prendre la peine de compiler eux-mêmes le logiciel, rendant de fait avantageux d'utiliser le logiciel sur GNU/Linux, car beaucoup de personnes sympathiques compilaient PyMOL pour cette plateforme ; ainsi, les utilisateurs du quotidien peuvent l'installer à partir des archives. |
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| **A special version "Incentive PyMOL" was also made available, containing special extra features that many users would not need, but would be a great addition to have for industrial partners and similar users. | **A special version "Incentive PyMOL" was also made available, containing special extra features that many users would not need, but would be a great addition to have for industrial partners and similar users. |
| Obtenir des coordonnées | Obtenir des coordonnées |
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| Historiquement, la plupart des coordonnées moléculaires ont été déterminées expérimentalement par la technique de la cristallographie à rayon x. La banque de données des protéines (PDB, Protein Data Bank) a été créée en 1971 ; elle contient actuellement plus de 123 456 structures de protéines, de ARN et de ADN. Actuellement, la résonance magnétique nucléaire (NMR - Nuclear magnetic resonance) et, plus récemment, la cryo-microscopie électronique (cryo-EM, cryo-electron microscopy), sont aussi des techniques utilisées pour déterminer les coordonnées tri-dimensionnelles des structures macromoléculaires. | Historiquement, la plupart des coordonnées moléculaires ont été déterminées expérimentalement par la technique de la cristallographie à rayon X. La banque de données des protéines (PDB, Protein Data Bank) a été créée en 1971 ; elle contient actuellement plus de 123 456 structures de protéines, d'ARN et d'ADN. Actuellement, la résonance magnétique nucléaire (NMR - Nuclear magnetic resonance) et, plus récemment, la cryo-microscopie électronique (cryo-EM, cryo-electron microscopy), sont aussi des techniques utilisées pour déterminer les coordonnées tri-dimensionnelles des structures macromoléculaires. |
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| Les coordonnées sont déposées par des chercheurs du monde entier et sont disponibles à tous ceux qui cherchent à avoir une meilleure compréhension du monde microscopique de certaines des plus petites parties de nos cellules. | Les coordonnées sont déposées par des chercheurs du monde entier et sont disponibles à tous ceux qui cherchent à avoir une meilleure compréhension du monde microscopique de certaines des plus petites parties de nos cellules. |
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| Dans PyMOL, un module est déjà installé qui peut être utilisé pour charger des coordonnées moléculaires - si l'identifiant PDB (PDB-id) est connu. Pour cet article, j'utiliserai 1mbo, qui est l'une des premières structures de protéines déterminée par la cristallographie à rayon x, la protéine myoglobine. | Dans PyMOL, un module est déjà installé qui peut être utilisé pour charger des coordonnées moléculaires, si l'identifiant PDB (PDB-id) est connu. Pour cet article, j'utiliserai 1mbo, qui est l'une des premières structures de protéines déterminée par la cristallographie à rayon X, la protéine myoglobine. |
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| **To download the coordinates and load it into PyMOL, I will use the command-line command fetch | **To download the coordinates and load it into PyMOL, I will use the command-line command fetch |
| Now the structure is loaded into the viewer and we can make a representation of the protein.** | Now the structure is loaded into the viewer and we can make a representation of the protein.** |
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| Pour télécharger les coordonnées, et les charger dans PyMOL, j'utiliserai la commande fetch en ligne de commande | Pour télécharger les coordonnées, et les charger dans PyMOL, j'utiliserai la commande fetch en ligne de commande : |
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| fetch 1mbo | fetch 1mbo |
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| Dans le GUI interne, l'objet peut être masqué en appuyant sur le nom et cinq boutons sont visibles à droite du nom de l'objet : | Dans le GUI interne, l'objet peut être masqué en appuyant sur le nom et cinq boutons sont visibles à droite du nom de l'objet : |
| A - Le bouton d'action, pour différentes actions sur l'objet | A - Le bouton d'action, pour différentes actions sur l'objet. |
| S - Le bouton de visualisation, pour différentes représentations | S - Le bouton de visualisation, pour différentes représentations. |
| H - Le bouton de masquage, pour masquer les différentes représentations | H - Le bouton de masquage, pour masquer les différentes représentations. |
| L - Le bouton d'étiquetage, pour voir les étiquettes des coordonnées individuelles | L - Le bouton d'étiquetage, pour voir les étiquettes des coordonnées individuelles. |
| C - Le bouton de coloration, pour colorer les coordonnées | C - Le bouton de coloration, pour colorer les coordonnées. |
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| Maintenant que la structure est chargée dans le visualiseur, nous pouvons créer une représentation de la protéine. | Maintenant que la structure est chargée dans le visualiseur, nous pouvons créer une représentation de la protéine. |
| I hope you enjoyed this very small introduction to the molecular viewer PyMOL ** | I hope you enjoyed this very small introduction to the molecular viewer PyMOL ** |
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| Pour obtenir une vue plus claire, vous pouvez masquer les « waters » en utilisant le bouton H à côté de l'objet 1mbo et appuyer sur « waters », ce qui masquera les représentations des particules aqueuses dans la molécule. Vous pouvez aussi noter les lignes de points striés jaune. Ce sont des interactions de liaison avec l'eau appelées contacts polaires et elles peuvent être masquées en désélectionnant le nouvel objet 1mbo_pol_conts (cliquez sur le nom de l'objet et il sera masqué). Et, enfin, nous pouvons afficher l'oxygène, représenté par des sphères, pour les visualiser plus clairement. Nous commençons par régler la taille des sphères à une valeur un peu plus petite que la normale. | Pour obtenir une vue plus claire, vous pouvez masquer les « waters » en utilisant le bouton H à côté de l'objet 1mbo et appuyer sur « waters », ce qui masquera les représentations des particules aqueuses dans la molécule. Vous pouvez aussi noter les lignes de points striés jaunes. Ce sont des interactions de liaison avec l'eau appelées contacts polaires et elles peuvent être masquées en désélectionnant le nouvel objet 1mbo_pol_conts (cliquez sur le nom de l'objet et il sera masqué). Et, enfin, nous pouvons afficher l'oxygène, représenté par des sphères, pour les visualiser plus clairement. Nous commençons par régler la taille des sphères à une valeur un peu plus petite que la normale. |
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| set sphere_scale, 0.5 | set sphere_scale, 0.5 |
